L'A.E. Irakliou, ufficialmente Athlītikī Enōsī Irakliou (in greco moderno: Αθλητική Ένωση Ηρακλείου), è una società calcistica greca con sede nella città di Iraklio, a Creta. Milita nella Football League 2, la terza serie del campionato greco.
La squadra gioca le partite casalinghe allo Stadio Theodoros Vardinogiannis, che ha una capacità di 9.088 spettatori.
L'A.E. Irakliou è stata fondata nel 1962 dalla fusione di due squadre locali, l'OFI Creta e l'Ergotelis. Il club ha trascorso la maggior parte della sua storia nelle serie inferiori del calcio greco, ma ha raggiunto la massima serie per la prima volta nella stagione 2002-2003. L'A.E. Irakliou è rimasta in Super League per due stagioni, prima di retrocedere in Football League nella stagione 2004-2005.
Il club è tornato in Super League nella stagione 2007-2008, ma è retrocesso nuovamente in Football League dopo una sola stagione. L'A.E. Irakliou ha trascorso le successive sette stagioni in Football League, prima di vincere il campionato nella stagione 2014-2015 e tornare in Super League.
L'A.E. Irakliou ha giocato nella massima serie greca per due stagioni consecutive, prima di retrocedere nuovamente in Football League nella stagione 2017-2018. Il club è attualmente militante in Football League 2, la terza serie del campionato greco.
L'A.E. Irakliou ha vinto il campionato di Football League una volta, nella stagione 2014-2015. Il club ha inoltre vinto la Coppa di Grecia una volta, nella stagione 1992-1993.
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