Il Nagasaki Institute è un club di calcio giapponese fondato nel 1957 a Nagasaki. Attualmente milita in J3 League, terza divisione del calcio giapponese.
Il club è stato fondato da un gruppo di studenti dell'Università di Nagasaki, che decisero di creare una squadra di calcio per rappresentare l'università. Negli anni '60 e '70, il Nagasaki Institute ha partecipato alla Japan Soccer League, la massima divisione del calcio giapponese, ma è stato retrocesso in seconda divisione nel 1976.
Il Nagasaki Institute è ritornato in massima divisione nel 1984, ma è stato nuovamente retrocesso nel 1986. Da allora, il club ha militato in seconda e terza divisione, con qualche breve apparizione in massima divisione.
Il Nagasaki Institute ha vinto la Japan Football League (seconda divisione) nel 2003 e nel 2009, ma non è mai riuscito a vincere la J1 League (massima divisione).
I colori sociali del Nagasaki Institute sono il rosso e il bianco. Il club gioca le sue partite casalinghe allo stadio Transcosmos Nagasaki.
Il Nagasaki Institute ha una rivalità di lunga data con il V-Varen Nagasaki, un altro club di Nagasaki. Le due squadre si affrontano regolarmente in campionato e in coppa.
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