L'1. FC Merseburg è una società calcistica tedesca con sede a Merseburg, Sassonia-Anhalt. Fondato nel 1990, il club gioca nella Landesklasse Sachsen-Anhalt Süd (IX).
Il club è il successore dell'SG Merseburg, fondato nel 1946. L'SG Merseburg giocò nella DDR-Liga (II) dal 1950 al 1952 e dal 1954 al 1955. Nel 1990, l'SG Merseburg fu sciolto e l'1. FC Merseburg fu fondato.
L'1. FC Merseburg ha giocato nella Landesliga Sachsen-Anhalt (VI) dal 1990 al 2000. Nel 2000, il club è stato promosso in Verbandsliga Sachsen-Anhalt (V). L'1. FC Merseburg ha giocato in Verbandsliga per tre stagioni, prima di essere retrocesso in Landesliga nel 2003.
Nel 2007, l'1. FC Merseburg è stato retrocesso in Bezirksliga Sachsen-Anhalt Süd (VII). Il club ha giocato in Bezirksliga per quattro stagioni, prima di essere promosso in Landesliga nel 2011. L'1. FC Merseburg ha giocato in Landesliga per due stagioni, prima di essere retrocesso in Bezirksliga nel 2013.
Nel 2015, l'1. FC Merseburg è stato retrocesso in Kreisliga Sachsen-Anhalt Süd (VIII). Il club ha giocato in Kreisliga per due stagioni, prima di essere promosso in Bezirksliga nel 2017. L'1. FC Merseburg ha giocato in Bezirksliga per due stagioni, prima di essere promosso in Landesklasse nel 2019.
L'1. FC Merseburg gioca le sue partite casalinghe allo Stadio Blücherstraße. Lo stadio ha una capacità di 2.000 spettatori.
I colori sociali dell'1. FC Merseburg sono il rosso e il bianco.
L'1. FC Merseburg ha una squadra giovanile e una squadra femminile.
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