Cesar Vallejo

Il club è stato fondato il 6 gennaio 1996 come squadra rappresentativa dell'omonima università.

Nell'anno di fondazione partecipò al campionato di terza divisione distrettuale, vincendolo. Nel 1998 vinse anche il campionato di seconda divisione. Nel 1999, alla prima partecipazione nel torneo di prima divisione distrettuale, si guadagnò il rispetto delle squadre predominanti della città, lottando sino all'ultimo per il titolo e piazzandosi infine secondo.

Nel 2001 il Cesar Vallejo vinse il titolo distrettuale, provinciale e dipartimentale. Raggiunse la finale di Copa Perú di quell'anno, venendo sconfitto dal Deportivo Bolito.

Disputò un buon torneo anche l'anno dopo, ma fu il 2003 l'anno della consacrazione: la vittoria della Copa Perù regalò alla squadra di Trujillo la promozione nella Primera División, la massima serie nazionale.

Militò per due anni consecutivi (2004 e 2005) al massimo livello, poi retrocesse. Nel 2007 riconquistò la promozione alla massima serie.

Nella stagione 2009 ottenne un sesto posto finale che qualificò la squadra alla Coppa Sudamericana 2010.