Wolfsburg II femminile

Dopo l'associazione al VfL Wolfsburg maschile, la squadra ha disputato nel 2003-04 la sua prima stagione in massima serie con la nuova denominazione, raccogliendo l'ottavo posto finale. Invece, nella stagione successiva, si classificò al dodicesimo (e ultimo) posto, retrocedendo in 2. Frauen-Bundesliga.

Tornato subito nel campionato di massimo livello tramite promozione diretta, il Wolfsburg ha cominciato a crescere anno dopo anno, fino ad arrivare, nel campionato 2011-12, concluso al secondo posto, a contendersi il titolo di campione di Germania.

Sarà però la stagione 2012-13, conclusa con la tripletta, ad iscrivere il Wolfsburg tra le potenze del calcio femminile tedesco ed europeo. La squadra, mai vincitrice in precedenza di alcun titolo, riesce a conquistare la coppa di Germania, il campionato e, al debutto nella competizione, la Champions League, battendo 1-0 l'Olympique Lione nella finale giocata il 23 maggio 2013 allo Stamford Bridge.

Nella stagione 2013-14 riesce nell'impresa di riconfermarsi campione d'Europa, battendo 4-3 il Tyresö FF nella finale di Lisbona. Inoltre, conclude il torneo senza subire sconfitte, vincendo otto partite e pareggiandone una, segnando 45 gol e subendone soltanto 7. Diventa così la terza squadra, dopo Umeå IK (2003, 2004) e Olympique Lione (2011, 2012), capace di vincere la manifestazione per due volte consecutive. Di fatto, considerando anche i risultati della stagione precedente la squadra, non ha mai subito sconfitte in incontri ufficiali internazionali per due anni consecutivi.

Nella medesima stagione riesce, all'ultima giornata di campionato, a riconfermarsi campione di Germania grazie alla vittoria per 2-1 sulle diretti concorrenti del 1. FFC Francoforte, che erano state prime in classifica ed imbattute fino alla penultima giornata.

La stagione 2014-2015 vede il Wolfsburg competere nuovamente ad alti livelli in campo nazionale ed europeo; la squadra raggiunge le semifinali di Champions League, dove esce sconfitta per 2-3 nel doppio confronto contro le francesi del Paris Saint-Germain. Nella gara di andata, disputata in casa, ha visto la prima (e finora unica) sconfitta in Champions League. Dopo due stagioni rivince la Coppa di Germania, imponendosi 3-0 nella finale contro il Turbine Potsdam.

Nella stagione 2015-2016 il Wolfsburg ha nuovamente concluso il campionato al secondo posto sempre dietro al Bayern Monaco e difendendo l'accesso alla UEFA Women's Champions League dal ritorno dell'1. FFC Francoforte. La settimana dopo il termine del campionato ha conquistato per il secondo anno consecutivo la Coppa di Germania, battendo in finale il Sand per 2-1 grazie alla doppietta realizzata da Zsanett Jakabfi. In Champions League ha nuovamente raggiunto la finale senza però riuscire a superare le francesi dell'Olympique Lione, vittoriose dopo i tiri di rigore.

Nella stagione 2016-2017 il Wolfsburg ha vinto la Frauen-Bundesliga per la terza volta nella sua storia e tornando al successo dopo tre anni. La settimana dopo la fine del campionato il Wolfsburg ha vinto la terza Coppa di Germania consecutiva, la quarta complessiva, battendo nuovamente il Sand in finale e ancora per 2-1 grazie alla doppietta realizzata da Pernille Harder nel secondo tempo. In Champions League è stato eliminato nei quarti di finale dalle francesi dell'Olympique Lione.

Nel 2019 ha vinto l'importante competizione internazionale per squadre giovanili, femminile Blue Stars/FIFA Youth Cup.