L'FK Atyrau riserve è una squadra di calcio kazaka con sede ad Atyrau. È la squadra riserve dell'FK Atyrau e gioca nella Birinşi Lïga, la seconda divisione del campionato kazako di calcio.
La squadra è stata fondata nel 2012 e ha esordito in Birinşi Lïga nella stagione 2013. Nelle prime due stagioni, la squadra ha ottenuto risultati modesti, piazzandosi a metà classifica. Nella stagione 2015, la squadra ha raggiunto il primo posto in classifica, ma ha perso lo spareggio promozione contro il Kyzyl-Zhar. Nella stagione 2016, la squadra ha ripetuto il primo posto in classifica, ma questa volta ha vinto lo spareggio promozione e ha ottenuto la promozione in Premjer-Liga.
Nella stagione 2017, la squadra ha esordito in Premjer-Liga, ma ha ottenuto risultati deludenti, piazzandosi all'ultimo posto in classifica e retrocedendo in Birinşi Lïga. Nella stagione 2018, la squadra è tornata in Premjer-Liga dopo aver vinto lo spareggio promozione, ma anche questa volta ha ottenuto risultati deludenti, piazzandosi all'ultimo posto in classifica e retrocedendo nuovamente in Birinşi Lïga.
Nella stagione 2019, la squadra è tornata in Birinşi Lïga e ha ottenuto il primo posto in classifica, ma ha perso lo spareggio promozione contro l'Akzhunis. Nella stagione 2020, la squadra si è piazzata al terzo posto in classifica.
L'FK Atyrau riserve gioca le sue partite casalinghe allo stadio Munayshy Stadium, che ha una capacità di 8.690 spettatori.