La squadra femminile di calcio dell'Estonia Under-19 rappresenta l'Estonia nelle competizioni internazionali di calcio femminile giovanile e viene controllata dalla Federazione calcistica estone. La squadra gareggia nel Campionato europeo Under-19 femminile UEFA, che si tiene ogni due anni.
L'Estonia non ha mai raggiunto la fase finale del Campionato europeo Under-19 femminile UEFA. La squadra ha partecipato al turno di qualificazione del campionato per la prima volta nel 2002, ma non è riuscita a qualificarsi per la fase finale. L'Estonia ha continuato a partecipare alle qualificazioni per il campionato senza successo fino al 2017, quando è riuscita a raggiungere il turno di qualificazione élite per la prima volta. Tuttavia, la squadra non è riuscita a qualificarsi per la fase finale del campionato e non è riuscita a ripetersi nelle qualificazioni per il campionato del 2019.
L'attuale capo allenatore della squadra femminile di calcio dell'Estonia Under-19 è Jarmo Matikainen.
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