L'EM Huanuni è una squadra di calcio boliviana con sede a Huanuni, nel dipartimento di Oruro. Milita nella Liga de Fútbol Profesional Boliviano, la massima serie del campionato boliviano di calcio.
La squadra è stata fondata nel 1950 con il nome di Empresa Minera Huanuni e ha vinto il suo primo titolo nazionale nel 1963. Nel 1978 ha cambiato nome in EM Huanuni.
L'EM Huanuni ha vinto tre titoli nazionali, nel 1963, nel 1992 e nel 2003. Ha inoltre vinto due volte la Copa Aerosur, nel 2006 e nel 2007.
A livello internazionale, l'EM Huanuni ha partecipato alla Copa Libertadores nel 1964, nel 1993 e nel 2004. Ha raggiunto i quarti di finale nel 1964, perdendo contro il Peñarol.
L'EM Huanuni gioca le sue partite casalinghe allo Stadio Manuel Flores.
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