Il Vyshniy Volochek è una squadra di calcio russa fondata nel 1945 e con sede a Vyšnij Voloček, nell'Oblast' di Tver'.
Il club è stato fondato nel 1945 con il nome di Trudovye Rezervy Vyšnij Voloček e ha giocato nella seconda divisione sovietica dal 1946 al 1949. Nel 1950 il club è stato rinominato Trud Vyšnij Voloček e ha giocato nella terza divisione sovietica fino al 1957, quando è stato promosso in seconda divisione. Nel 1958 il club è stato nuovamente rinominato, questa volta in Vyšnij Voloček, e ha giocato in seconda divisione fino al 1963.
Nel 1964 il club è stato retrocesso in terza divisione, dove ha giocato fino al 1968, quando è stato promosso in seconda divisione. Nel 1970 il club è stato nuovamente retrocesso in terza divisione, dove ha giocato fino al 1975, quando è stato promosso in seconda divisione. Nel 1977 il club è stato nuovamente retrocesso in terza divisione, dove ha giocato fino al 1983, quando è stato promosso in seconda divisione.
Nel 1989 il club è stato promosso in prima divisione, dove ha giocato fino al 1991, quando è stato retrocesso in seconda divisione. Nel 1992 il club è stato ammesso alla neonata Prima Divisione russa, dove ha giocato fino al 1997, quando è stato retrocesso in Seconda Divisione. Nel 2000 il club è stato promosso in Prima Divisione, dove ha giocato fino al 2004, quando è stato retrocesso in Seconda Divisione.
Nel 2008 il club è stato promosso in Prima Divisione, dove ha giocato fino al 2010, quando è stato retrocesso in Seconda Divisione. Nel 2013 il club è stato promosso in Prima Divisione, dove ha giocato fino al 2015, quando è stato retrocesso in Seconda Divisione.
Nel 2018 il club è stato promosso in Prima Divisione, dove gioca attualmente.