Yeni Malatyaspor U21

Fondata nel 1986 a Malatya con il nome di Malatya Beledıyespor (Malatya B.S.), assunse come colori sociali il verde e l'arancione.

Un decennio più tardi la squadra conobbe una rapida ascesa, passando dalle categorie dilettantistiche alla promozione in 3. Lig alla fine della stagione 1997-1998 e poi alla promozione in 2. Lig, la terza serie nazionale, alla fine della stagione 1998-1999. Tra il 1999 e il 2001 il Malatya subì, tuttavia, due retrocessioni consecutive, passando dalla 2. Lig alla lega amatoriale.

Dopo la promozione in 3. Lig, la quarta serie, alla fine della stagione 2006-2007, seguirono stagioni altalenanti fra la 3. Lig e la 2. Lig, categoria in cui la squadra tornò una prima volta già nel 2007-2008, grazie al secondo posto ottenuto nel girone di appartenenza della quarta serie, per poi subire un'altra retrocessione immediata.

Nella stagione 2009-2010 la squadra cambiò nome in Yeni Malatya Spor Kulübü (letteralmente Nuovo club sportivo Malatya). Nel maggio 2012 la società ratificò in un'assemblea dei soci il cambio di denominazione in Malatya Football Club, ma la decisione non fu approvata dalla federcalcio turca a causa dei rigidi criteri della UEFA, così la società decise di mantenere il nome attuale.

Vinto il campionato di 2. Lig (gruppo bianco) nel 2014-2015, la squadra ottenne la promozione in 1. Lig, la seconda serie turca, per la prima volta nella propria storia.

Il 23 dicembre 2015 il nome della squadra divenne Alima Yeni Malatyaspor in seguito alla stipula di un contratto di sponsorizzazione; il club tornò a chiamarsi Yeni Malatyaspor dopo la conclusione dell'accordo con Alima nel 2016. Il 30 novembre 2016 il club fu ridenominato Evkur Yeni Malatyaspor, secondo un nuovo accordo di sponsorizzazione.

Nella stagione 2016-2017, grazie al secondo posto in campionato, lo Yeni Malatyaspor allenato da İrfan Buz fu promosso per la prima volta in Süper Lig, la massima serie turca. Nell'annata seguente ottenne una comoda salvezza, mentre nel 2018-2019 conseguì il quinto posto finale, valido per la qualificazione all'Europa League, oltre a raggiungere le semifinali in Coppa di Turchia. La prima esperienza del club turco nelle coppe europee, nello specifico nell'Europa League 2019-2020, vide lo Yeni Malatyaspor eliminare l'Olimpia Lubiana al secondo turno e si chiuse al terzo turno contro i serbi del Partizan. Il club incappò sul campo in una nuova retrocessione in TFF 1. Lig dopo l'ultima giornata del campionato 2019-2020, declassamento scongiurato grazie all'annullamento delle retrocessioni voluto dalla federazione, una misura di sollievo dai disagi dovuti alla pandemia di COVID-19. Due anni dopo la squadra, piazzatasi ultima in massima divisione, retrocesse in seconda serie.

A seguito del terremoto in Turchia e Siria del 6 febbraio 2023, in cui perse la vita il portiere di riserva Ahmet Eyüp Türkaslan, la squadra decise di ritirarsi dal campionato e nel 2023-2024 ripartì dalla seconda divisione ma dopo poche settimane decide nuovamente di ritirarsi, sempre a causa del terremoto.