FK Jonava II è la squadra di riserva del FK Jonava, club lituano della città di Jonava. Milita in Pirma lyga, la seconda divisione del campionato lituano di calcio.
La squadra è stata fondata nel 2016 e ha debuttato in Pirma lyga nella stagione 2017. Nella sua prima stagione, ha concluso il campionato al 12° posto. Nella stagione successiva, è migliorata e ha concluso il campionato al 6° posto. Nella stagione 2019, ha raggiunto il 5° posto, migliorando ulteriormente il suo risultato.
Nella stagione 2020, FK Jonava II ha vinto la Pirma lyga per la prima volta nella sua storia, ottenendo la promozione in A lyga. Tuttavia, la squadra non è riuscita a mantenere la categoria e dopo una sola stagione è retrocessa in Pirma lyga.
Nella stagione 2022, FK Jonava II ha concluso il campionato al 4° posto, ottenendo la qualificazione ai play-off promozione. Tuttavia, la squadra è stata eliminata al primo turno dal Banga Gargždai.
FK Jonava II gioca le sue partite casalinghe allo stadio Žalgiris di Jonava.
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