Il Pondicherry è una squadra di calcio indiana di Pondicherry, che gioca nella I-League 2a Division, la terza divisione del campionato indiano di calcio.
Il club è stato fondato nel 2006 e ha vinto la Pondicherry Super Division, il campionato regionale di calcio, per quattro volte, nel 2007, nel 2008, nel 2010 e nel 2012.
Il Pondicherry ha partecipato per la prima volta alla I-League 2a Division nella stagione 2013-2014, classificandosi al 10º posto su 12 squadre.
Nella stagione 2014-2015, il Pondicherry ha migliorato la sua prestazione, classificandosi al 6º posto su 12 squadre.
Nella stagione 2015-2016, il Pondicherry ha raggiunto il 5º posto su 12 squadre.
Nella stagione 2016-2017, il Pondicherry ha ottenuto il suo miglior risultato nella I-League 2a Division, classificandosi al 4º posto su 12 squadre.
Nella stagione 2017-2018, il Pondicherry ha concluso la stagione al 9º posto su 12 squadre.
Nella stagione 2018-2019, il Pondicherry si è classificato all'11º posto su 12 squadre.
Nella stagione 2019-2020, il Pondicherry è arrivato al 12º posto su 12 squadre.
Il Pondicherry non ha mai vinto la I-League 2a Division, ma ha raggiunto la finale della Coppa della Federazione indiana nel 2016, dove ha perso contro il Mumbai FC per 1-0.
Il Pondicherry ha anche partecipato alla Supercoppa indiana nel 2016, dove ha perso contro il Bengaluru FC per 3-0.