L'FCI Tallinn Under-21 è una squadra di calcio estone, riserva del FCI Tallinn. Milita in Esiliiga B, la terza serie del campionato estone di calcio.
La squadra gioca le partite casalinghe allo stadio Flora, ma in alcune occasioni ha giocato anche allo stadio Kalevi Keskstaadion e allo stadio Kadrioru.
L'FCI Tallinn Under-21 è stata fondata nel 2003 come squadra giovanile del FCI Tallinn. Nel 2010 ha iniziato a partecipare all'Esiliiga B, la terza serie del campionato estone di calcio.
Nella stagione 2012 l'FCI Tallinn Under-21 ha vinto l'Esiliiga B e ha ottenuto la promozione in Esiliiga, la seconda serie del campionato estone di calcio. Tuttavia, dopo una stagione in Esiliiga, la squadra è retrocessa in Esiliiga B.
L'FCI Tallinn Under-21 ha vinto l'Esiliiga B anche nella stagione 2016 e ha ottenuto nuovamente la promozione in Esiliiga. Tuttavia, dopo una stagione in Esiliiga, la squadra è retrocessa nuovamente in Esiliiga B.
L'FCI Tallinn Under-21 ha vinto l'Esiliiga B per la terza volta nella stagione 2021 e ha ottenuto la promozione in Esiliiga. Questa volta la squadra è riuscita a mantenere la categoria e nella stagione 2022 ha ottenuto un onorevole quinto posto.
L'FCI Tallinn Under-21 è una squadra giovane e ambiziosa, che punta a raggiungere la promozione in Meistriliiga, la massima serie del campionato estone di calcio. La squadra è allenata da Marko Lelov, ex calciatore estone con una lunga esperienza in Esiliiga e Meistriliiga.
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