Il Genesis de Comayagua è una società calcistica honduregna con sede nella città di Comayagua. Milita nella Liga Nacional de Honduras, massima serie del campionato honduregno di calcio. Il club è stato fondato nel 1965 e i suoi colori sociali sono il verde e il bianco.
Il Genesis de Comayagua ha vinto due volte la Liga Nacional de Honduras, nel 1990 e nel 1998, e una volta la Copa de Honduras, nel 1996. A livello internazionale, il club ha partecipato alla CONCACAF Champions League nel 1991, nel 1999 e nel 2000, senza mai superare la fase a gironi.
Il Genesis de Comayagua gioca le partite casalinghe allo stadio Carlos Miranda. Lo stadio ha una capacità di 10.000 spettatori ed è stato inaugurato nel 1978.
Il club è attualmente allenato dall'honduregno Emilio Umanzor. I giocatori più rappresentativi della storia del club sono il difensore Amado Guevara, il centrocampista Edgar Álvarez e l'attaccante Carlo Costly.
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