Il Fußballclub Wacker Innsbruck è una società calcistica di Innsbruck, in Austria. Milita nella Regionalliga, terza serie del campionato austriaco di calcio.
Dal punto di vista giuridico non si deve confondere questo club con il Wacker Innsbruck, fondato nel 1915 e dissolto nel 1999.
Il Wacker Innsbruck possiede una sezione femminile, che milita in ÖFB-Frauenliga, il massimo campionato nazionale femminile. Nelle stagioni 2008-2009 e 2009-2010 è arrivata al secondo posto in campionato.
Il club fu fondato nel giugno 2002 come Fußballclub Wacker Tirol. Successivamente si unì al Wattens formando lo SpG Wattens/Wacker Tirol per la sola stagione 2003-2004. Solo nel 2007 ha cambiato nome in quello attuale. È considerato il successore naturale del Tirol Innsbruck che fallì nel 2002, anche se in realtà è un club separato, cui non vengono riconosciuti come propri i titoli vinti dal Tirol.
Nel giro di due sole stagioni il club passò dalla Regionalliga alla Bundesliga con due promozioni consecutive. Al suo campionato d'esordio nella massima divisione ottenne un 6º posto ma, già nella stagione successiva, si salvò con difficoltà (9º posto). Nel 2006-2007, la salvezza arrivò solo per la retrocessione a tavolino del Grazer AK in Regionalliga.
Nel torneo 2007-2008 il club ha concluso il campionato al 10º posto, retrocedendo in Erste Liga.
Il Wiener Neustadt ha vinto il torneo cadetto 2008-2009, con 7 punti di vantaggio sui tirolesi, secondi nella loro prima stagione in Erste Liga. Nella successiva stagione il Wacker ha ottenuto il ritorno in massima divisione, precedendo al termine di un'accesa lotta l'Admira Wacker Mödling.
Dopo il ritorno in Bundesliga i nero-verdi hanno ottenuto un 6° (2010-2011) ed un 7° (2011-2012) posto.
Il 10 ottobre 2012 la società esonera l'allenatore Walter Kogler, dopo quattro anni alla guida della prima squadra, a causa dei pessimi risultati ottenuti nelle prime giornate di campionato. Il suo posto viene preso ad interim da Werner Löberbauer, tecnico della squadra Amateure. Il 16 ottobre viene ufficializzato l'ingaggio di Roland Kirchler, che ha firmato un contratto fino all'estate 2013.