La nazionale di pallacanestro femminile dell'Estonia, selezione composta dalle migliori giocatrici di pallacanestro di nazionalità estone, rappresenta l'Estonia nelle competizioni internazionali femminili di pallacanestro organizzate dalla FIBA, ed è gestita dalla Federazione cestistica dell'Estonia.
Dopo la seconda guerra mondiale il paese è stato occupato e inglobato all'Unione sovietica, e ne ha fatto parte fino al 1991, anno in cui l'Estonia ha ritrovato l'indipendenza, e di conseguenza, ha visto riformarsi le sue nazionali sportive.
La nazionale estone non ha mai partecipato alle fasi finali dei Campionati Europei, e di conseguenza non è mai riuscita a qualificarsi a Campionati Mondiali e Olimpiadi.
Dal 2005, la FIBA ha suddiviso la zona europea in tre categorie:
La nazionale estone, è stata subito ammessa in Division B a disputare il corrispettivo Campionato Europeo, ed attualmente né fa ancora parte, non essendo riuscita a salire alla categoria superiore.