Il Sigma Olomouc U21 è una squadra di calcio ceca con sede a Olomouc. È la squadra giovanile del Sigma Olomouc, che milita nella 1. liga, la massima serie del campionato ceco di calcio.

Il Sigma Olomouc U21 gioca le sue partite casalinghe allo Stadio Andrův, che ha una capacità di 12.566 spettatori.

La squadra è stata fondata nel 1994 e ha vinto una volta la Moravian-Silesian Football League, il terzo livello del campionato ceco di calcio.

Il Sigma Olomouc U21 ha partecipato anche alla Coppa della Repubblica Ceca, raggiungendo i quarti di finale nell'edizione 2016-2017.

I giocatori più famosi del Sigma Olomouc U21 sono il centrocampista Tomáš Vaclík, che ha giocato anche con la nazionale ceca, e l'attaccante Jan Kliment, che ha giocato anche con il Viktoria Plzeň.