L'FK Andijan II è una squadra di calcio uzbeka con sede ad Andijan. Milita nella Pro League uzbeka, la seconda divisione del campionato nazionale.

Il club è stato fondato nel 2014 come squadra riserve dell'FK Andijan, militante nella massima serie uzbeka. Ha partecipato per la prima volta alla Pro League uzbeka nella stagione 2015, piazzandosi al quarto posto nel suo girone.

Nella stagione 2016, l'FK Andijan II ha vinto il suo girone e ha ottenuto la promozione in Uzbekistan Super League. Tuttavia, la squadra è stata retrocessa in Pro League la stagione successiva dopo aver terminato all'ultimo posto in campionato.

L'FK Andijan II è tornato in Uzbekistan Super League nella stagione 2019, dopo aver vinto nuovamente il suo girone in Pro League. Tuttavia, la squadra è stata nuovamente retrocessa la stagione successiva dopo aver terminato al penultimo posto in campionato.

Nella stagione 2021, l'FK Andijan II ha vinto ancora una volta il suo girone in Pro League e ha ottenuto la promozione in Uzbekistan Super League. La squadra ha mantenuto la categoria anche nella stagione 2022, terminando al decimo posto in campionato.

L'FK Andijan II gioca le sue partite casalinghe allo stadio Soglom Avlod di Andijan, che ha una capacità di 18.360 spettatori.

I colori sociali della squadra sono il giallo e il blu.