Il Navegantes Esporte Clube, noto anche come Navegantes EC o semplicemente Navegantes, è una società calcistica brasiliana con sede a Navegantes, nello stato di Santa Catarina. Fondata nel 1953, la squadra gioca le sue partite casalinghe nello stadio João Marcatto, che ha una capacità di 5.000 spettatori.
I colori ufficiali del Navegantes EC sono il verde e il bianco. La maglia della squadra è verde con strisce bianche orizzontali, mentre i pantaloncini e i calzettoni sono bianchi.
Il Navegantes EC ha vinto il suo primo titolo statale nel 1983, quando ha trionfato nel campionato di seconda divisione di Santa Catarina. Nel 1985, la squadra ha vinto il campionato di prima divisione di Santa Catarina, ottenendo così la promozione in Série B, la seconda divisione del campionato brasiliano.
Il Navegantes EC ha partecipato alla Série B per due stagioni, nel 1986 e nel 1987. Nella sua prima stagione in Série B, la squadra è arrivata al 10° posto, mentre nella seconda stagione è arrivata al 18° posto, retrocedendo così in Série C.
Nel 1994, il Navegantes EC ha vinto nuovamente il campionato di seconda divisione di Santa Catarina, ottenendo così la promozione in Série C. La squadra ha partecipato alla Série C per due stagioni, nel 1995 e nel 1996. Nella sua prima stagione in Série C, la squadra è arrivata al 16° posto, mentre nella seconda stagione è arrivata al 21° posto, retrocedendo così in Série D.
Il Navegantes EC ha partecipato alla Série D per due stagioni, nel 2009 e nel 2010. Nella sua prima stagione in Série D, la squadra è arrivata al 34° posto, mentre nella seconda stagione è arrivata al 46° posto.
Attualmente, il Navegantes EC milita nel Campionato Catarinense Série B, la seconda divisione del campionato di Santa Catarina.