L'FC Bubendorf è una squadra di calcio svizzera con sede a Bubendorf, nel canton Basilea Campagna. Il club è stato fondato nel 1923 e attualmente gioca nella Seconda Lega Interregionale, il quinto livello del campionato svizzero di calcio.

I colori sociali dell'FC Bubendorf sono il rosso e il nero. Il club gioca le sue partite casalinghe allo Sportplatz Hüslimatt.

L'FC Bubendorf ha vinto il campionato di Seconda Lega Interregionale nel 2016-17, ma ha perso gli spareggi per la promozione in Prima Lega.

Il club ha anche vinto la Coppa della Svizzera per club amatoriali nel 2006 e nel 2011.

L'FC Bubendorf è noto anche per la sua squadra femminile, che ha vinto il campionato svizzero di calcio femminile di Seconda Lega nel 2017-18.