Il Carl Zeiss Jena II è una squadra di calcio tedesca con sede a Jena, in Turingia. Si tratta della squadra di riserva del Carl Zeiss Jena, che milita in Regionalliga Nordost, la quarta divisione del campionato tedesco di calcio.

La squadra è stata fondata nel 1990 e ha giocato principalmente nella Verbandsliga Thüringen, la quinta divisione del campionato tedesco di calcio. Nel 2012, la squadra è stata promossa in NOFV-Oberliga Süd, la quarta divisione, dove ha giocato per tre stagioni. Nel 2015, la squadra è stata retrocessa in Verbandsliga Thüringen, ma è stata promossa nuovamente in NOFV-Oberliga Süd nel 2017.

Nel 2018, la squadra è stata promossa in Regionalliga Nordost, la quarta divisione del campionato tedesco di calcio. La squadra ha concluso la sua prima stagione in Regionalliga Nordost al decimo posto.

Il Carl Zeiss Jena II gioca le sue partite casalinghe allo stadio Ernst-Abbe-Sportfeld, che ha una capacità di 12.000 posti.

La squadra è allenata da René Müller. Il capitano della squadra è Florian Kammerer.