Il Genesis de Comayagua riserve è una squadra di calcio honduregna con sede a Comayagua. È la squadra riserve del Genesis de Comayagua e milita nella seconda divisione honduregna.
La squadra è stata fondata nel 2009 e ha partecipato per la prima volta alla seconda divisione honduregna nella stagione 2010-11. Nella sua prima stagione, la squadra ha ottenuto il sesto posto nel gruppo A, non riuscendo a qualificarsi per i playoff promozione.
Nella stagione 2011-12, il Genesis de Comayagua riserve ha migliorato le sue prestazioni e ha ottenuto il terzo posto nel gruppo A, qualificandosi per i playoff promozione. Ai playoff, la squadra ha sconfitto il Platense riserve in semifinale e il Deportivo Comayagua in finale, ottenendo la promozione in prima divisione.
Il Genesis de Comayagua riserve ha militato in prima divisione per due stagioni, ma al termine della stagione 2013-14 è retrocesso in seconda divisione. La squadra ha poi militato in seconda divisione per altre due stagioni, prima di essere promossa nuovamente in prima divisione al termine della stagione 2016-17.
Il Genesis de Comayagua riserve ha militato in prima divisione per altre due stagioni, ma al termine della stagione 2019-20 è retrocesso nuovamente in seconda divisione. La squadra milita attualmente in seconda divisione honduregna.
Il Genesis de Comayagua riserve gioca le sue partite casalinghe allo stadio Carlos Miranda de Comayagua, che ha una capacità di 10.000 spettatori.
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